Het complex van het Onze-Lieve-Vrouwehospitaal gaat terug tot de gebouwen van de bogaarden die de plek aan het einde van de 14de eeuw verplicht moesten verlaten. De kapel is een van de oudste structuren van desite en gaat waarschijnlijk terug tot de 13de eeuw. Het koor van de kapel draagt een bouwsteen die gedateerd is in 1409. In de loop van de daaropvolgende eeuw(en) vinden talrijke verbouwingswerken plaats aan het complex. Het is tot vandaag niet duidelijk in welke mate de oude complexen van de bogaarden opgenomen zijn of ze volledig vervangen zijn door nieuwe structuren.

Er werden verspreid in het gebouw 5 kleine proefputten onderzocht, in functie van diverse toekomstige restauratiewerken. Het proefputtenonderzoek heeft kunnen aantonen dat er zowel in de zuidelijke pandgang als in de zuidelijk gelegen vleugel, onder de huidige vloer een oudere vloer bewaard was. Deze goed bewaarde bakstenen kepervloer dateert uit de 16de- 17de eeuw. Deze kepervloer is in de 19de eeuw doorsneden door de insteek van de zuidelijke pandmuur. Nadien is over de insteek een ophogingspakket puin gestort, waarop de huidige vloer is gelegd. De ophogingslaag dateert uit de 19de eeuw en kan gelinkt worden aan gekende renovatiewerken onder leiding van A. Vossaert.

In proefput IV is een baksteen muurfragment met gebogen uiteinde teruggevonden. Op de binnenkant van de muur hing pleister, wat in combinatie met de puinige laag, impliceert dat er onder de huidige vloer een kelder ligt. De vloer die in de andere putten is gevonden, is hier niet aangetroffen. In Proefput V ligt een stenen plaat op een diepte van 20 cm onder het huidige vloerniveau. Het is niet duidelijk uit welk materiaal de plaat gemaakt is, waarschijnlijk gaat het om een betonnen plaat. Eronder is een holle ruimte zichtbaar. Het feit dat er van deze kelder en de kelder in zone IV niets meer te zien is in het huidige plan, wijst er op dat de structuur sterk gewijzigd is in vergelijking met vroeger. De oriëntatie van de kelder laat dit ook vermoeden. Het proefputtenonderzoek toonde aan dat er goed bewaarde archeologische relicten op geringe diepte aanwezig zijn in het projectgebied. Het gaat om vloeren en mogelijk ook muurresten die een oudere gebruiksfase en organisatie van het Onze-Lieve-Vrouwehospitaal reflecteren.