Het gehucht Sint-Anna is excentrisch gelegen in het noordwesten van het grondgebied Hamme en vormt een in oorsprong oud kerkdorp dat ten westen grenst aan Zele, in het noorden aan de Durme en Waasmunster. Door indijking werd moerassig gebied aan de Durme ter hoogte van Sint-Anna in de 13de eeuw omgezet in polders en weiland. Zo is er melding in 1245 van het Sint Anna schoor dat aan Hamme werd geschonken. De bewoning kreeg daar in het toegenomen landbouwgebied een impuls zodat er in de 14de eeuw al een echte woonkern bestond die beschikte over een eigen kapel toegewijd aan de Heilige Anna. Het belang van het "Sint Annendorp" blijkt verder nog uit het feit dat vanouds de benaming "heerlijkheden van Hamme en Sint Anna" samen voorkomen. Geestelijk hing het dorp Sint Anna wel af van de moederparochie Waasmunster maar bestuurlijk behoorde het dorp bij Hamme, onder de heer van Dendermonde. Al van in het begin van de 17de eeuw streefden de dorpelingen ernaar los te komen van de parochie Waasmunster. In 1640 verhief bisschop A. Triest Sint-Anna tot een proosdij, waarbij de proost verplicht was er zich te huisvesten. Een poging om een zelfstandige parochie te worden mislukte in 1683 doch resulteerde in het dooprecht. De inwoners van Sint-Anna bleven nadien ijveren voor afscheiding van de parochie Waasmunster. Het duurde echter tot 1834 vooraleer de proosdijkerk van Sint-Anna erkend werd als succursale van Hamme. In diezelfde periode probeerde het dorp ook een zelfstandige gemeente te worden, doch dit verzoek werd in 1837 verworpen.

Tot op heden bleef de bebouwing van het kerkdorp Sint-Anna geconcentreerd aan de gelijknamige hoofdstraat die het gehucht in het midden doorsnijdt en de karakteristieke vorm van straatdorp behouden heeft. De hoeves die als landelijke bebouwingsvorm hier vroeger talrijk aanwezig waren verdwijnen echter geleidelijk uit het straatbeeld en ook de lage bebouwingsschaal van dorpshuizen is sterk afgenomen en aangegroeid met verdichte recente woningbouw.