Jonckholt was een Loons grootleen, en vormt oorspronkelijk één leen samen met Groenendaal en Hoelbeek. Het leen beschikt over een burcht en een laathof. Mogelijk ontstaat Jonckholt als een allodiaal goed, dat in de 11de - 12de eeuw door de graven van Loon wordt geannexeerd. De heren van Jonckholt zijn verwant aan het geslacht Hamal van 's-Herenelderen; ze worden voor het eerst vermeld in 1288 (Johan van Jochout). In 1365 omvat Jonckholt het dorp Hoelbeek, zes hoeven en twee molens, dicht bij de curtis gelegen. In 1390 heeft het geslacht Jonckholt geen mannelijken nazaten meer; de goederen worden verdeeld tussen de twee dochters: Groenendaal gaat naar de familie van Elderen, Jonckholt en Hoelbeek naar de oudste dochter, die huwt met ridder Hendrik van Guigoven, slotvoogd van Kolmont. In 1414 komt de heerlijkheid in het bezit van de familie van Rijkel-Gelinden, in 1436 van de familie van den Bosch de Mopertingen, in 1494 van de Merode de Houffalize. In 1639 verkoopt Anne François de Merode Houffalize het leen Jonckholt aan Karel Egidius Vaes, die het kasteel van Schalkhoven bewoonde. Door huwelijk gaat het goed over op de familie van Eyll, die het in bezit houden tot 1819.

Het kasteel komt niet voor op de Ferrariskaart, wel op de Fricxkaart (1744). De burcht was volledig verdwenen; alleen de hoge aarden wallen waren nog in het landschap zichtbaar. Van mei 1985 tot november 1987 wordt de burcht opgegraven in drie campagnes. Het archeologisch onderzoek brengt twee grote bewoningsfasen aan het licht.

Een eerste periode loopt van circa 1225 tot het eerste kwart van de 14de eeuw. In het moerassige gebied aan de Meersbeek worden op een circa 1 meter opgehoogd plateau vijf houten gebouwen opgetrokken. Dit is de oorspronkelijke "curtis", een hoeve met losstaande bestanddelen, regelmatig geschikt rondom een rechthoekig erf. Ze bezit nog geen omheining, wel een brede gracht.

Circa midden 14de eeuw wordt een stenen ommuring gebouwd. Het geheel heeft een rechthoekig grondplan van 52 meter x circa 40 meter. Elke hoek is voorzien van een voor drie kwart uitgebouwde, ronde toren. De buitenmuur is 1,3 meter dik en heeft een buitenparement van mergelblokken. Rond de omringende gracht wordt in het eerste kwart van de 16de eeuw een aarden wal opgetrokken, met op elke hoek een soort rond bastion; deze wal is aan de zuidelijke zijde voorzien van een mergelstenen steunmuur aan de buitenzijde, mogelijk de rest van een klein bolwerk vóór de toegangspoort van het kasteel; deze bevindt zich bij het zuidoostelijke aarden bastion en heeft een U-vormig grondplan. Het kasteel heeft nooit stenen gebouwen bezeten.