Gemeente ontstaan op de zuideroever van de Dijle langs de oude heirbaan die vanuit Temse aan de Schelde via Mechelen, Leuven, Tienen en Tongeren in de richting van Keulen liep. Bij het aanleggen van de baan Leuven/Mechelen in 1736 kwam het oude dorpscentrum bezijden deze baan te liggen, en onder meer door de bevolkingsaangroei tijdens de 19de en 20ste eeuw verplaatste het zich naar de nieuwe steenweg. Voorheen behorend tot de vrijheid Mechelen, maakt Muizen slechts sedert de Franse Revolutie (1794) deel uit van de provincie Brabant. Van een gemeente van vroeger hoofdzakelijk landbouwers evolueerde ze steeds meer naar één met een arbeiders- en bediendebevolking. Erg beschadigd tijdens de Engels-Amerikaanse bombardementen van 1944 zijn er weinig oude gebouwen bewaard gebleven.

In 1938 werden, bij eerder vluchtige opgravingen op het Wieleveld sporen van een Romeinse villa blootgelegd. In 1907-1908 ontdekte men een Merovingisch grafveld uit de 7de eeuw. Opgravingen in 1949 van de vernielde Sint-Lambertuskerk brachten grondvesten aan het licht van een houten kerkje uit de 8ste eeuw, van een Karolingische centraalbouw uit de 10de eeuw, van een gotische kerk van circa 1500 die na brand in 1575 diende vervangen; de laatste kerk werd in 1636 en 1897 vergroot, hersteld in 1936 en gebombardeerd in 1944.