François-Bernard Hooghuys, zoon van Simon, kreeg een orgelmakersopleiding van zijn vader en wellicht ook ten dele van zijn oudere broer Louis-Benoit (die ca. 1850 een eigen atelier begonnen was, in hun geboortestad Brugge). Slechts één orgel staat op zijn naam (in de kerk van Puivelde (Belsele, Sint-Niklaas), 1859) en het is niet uitgesloten dat hij dit samen met zijn broer in het Brugse atelier vervaardigde. In 1864 verhuisde hij naar Geraardsbergen en ging er werken in het bedrijf van Charles Anneessens. Zijn biografie is vanaf dan onduidelijk : hij verhuisde meermaals (Gent, Geraardsbergen, Brugge, Geraardsbergen ...).
Omstreeks 1880 stichtte Louis-François (1856-1924), zoon van François-Bernard, de "Manufacture d'orgues à cylindre Louis Hooghuys" in Geraardsbergen en wellicht werd hij daar nog wat geholpen door zijn vader.