De opgraving volgde de fasering van de geplande stabiliteitswerken. De opgraving vond in verschillende fases plaats van 6 december 2018 tot 30 januari 2020.
Het uitgraven van de zones rond de pilaren in het koor en langs de muren in het westportaal werd erg bemoeilijkt door het hoge grondwater. Hiervoor werden verschillende dompelpompen ingezet maar de hinder bleef groot. Verder bleek het hierdoor, en door de aanwezigheid van veel puin in de bovenste lagen, niet mogelijk de putwanden getrapt aan te leggen.
De diepere uitgravingen rond de pijlers werden uiteindelijk niet aan de hand van twee lengtesleuven gedaan. De uitgravingen gebeurden plaatselijk rond elke zuil met een maximale straal van 0,60m rond de zuil.
De stellingen uit de jaren 1960 en hun betonnen voeten werden pas verwijderd na de graafwerken rond de zuilen en vieringskolommen, de aanleg van betonnen ringbalken rond de zuilen en de koppeling met de bestaande fundering. Dit gebeurde door het boren van haken in de betonnen voeten, het afgraven rond de randen van de voeten in een band van 0,10m breed en 0,60cm diep en vervolgens het omhoog heffen van de voeten met een liftmachine. Op deze manier werden er geen archeologische niveaus verstoord. De archeologische resten kunnen hierdoor in situ bewaard worden. De archeologische begeleiding bestond eruit te controleren of er nog graven en/of sporen aanwezig waren onder de betonnen voeten.
