In 1637 werd, na de heropbouw van de vernielde kerk, een nieuw orgel gebouwd (mogelijks door G. Medaert uit Roeselare). Wellicht werd het opnieuw vernield toen Franse troepen in 1645 de kerk in brand staken. In 1669 leverde J. Medaert (Meulebeke) een nieuw orgel. In 1722 zou er opnieuw een activiteit te signaleren zijn aangaande het orgel, maar nadere gegevens ontbreken. Tot 1896 was een instrument aanwezig dat gebouwd was door de Gentse orgelmakers Van Peteghem in 1783. Er werden in 1866 nog herstellingswerken aan verricht door Ph.-J. Forrest (Geluveld). Het is niet bekend wat er met dit instrument geschiedde bij de herbouw van de kerk in 1893-96. Orgelbouwer P. Schyven (Elsene) leverde een totaal nieuw orgel in 1900. Het instrument werd ingrijpend omgebouwd in 1964 door G. Delmotte (Doornik). Een herstelling vond plaats in 1985 door P.A.J. Andriessen (Menen).