Aangaande het voormalig orgel zijn slechts enkele gegevens voorhanden. Volgens een werklijst opgesteld door Jos Loncke heeft zijn grootvader Petrus Albertus Loncke een orgel gemaakt voor Hoogstade. Dit werk zou moeten dateren van na 1865. Loncke's atelier was overigens van 1843 tot 1889 gevestigd in Hoogstade, en zijn graftombe bevindt er zich nog steeds op het kerkhof. Het is niet bekend of hij een volledig nieuw orgel maakte, ofwel een ouder instrument renoveerde (zoals dat op meerdere andere plaatsen ook het geval was). In 1946 plaatste Jos. Loncke er een elektrische ventilator. Dit orgel werd op 20 april 1974, samen met kerk en inboedel, door brand verwoest. Er is nog geen nieuw orgel geplaatst.