De artistieke waarde van de Sint-Bavokerk wordt voornamelijk bepaald door de aanwezigheid van waardevol mobilair. Vooral de rijkelijk gebeeldhouwde 18de-eeuwse preekstoel, de 1774 gedateerde biechtstoel en de orgelkast van het De Volderorgel van 1817 getuigen van een kwalitatieve hoogstaande uitvoering. Uitzonderlijk is het in koper gedreven retabel met voorstelling van de Bruiloft van Kana en het Offer van Melchisedek van het gerenommeerde Luikse atelier J. Dehin Frères op het nieuwe hoofdaltaar van Sint-Bavo van 1912.
Ook de neogotische zijaltaren met gebeeldhouwde retabels en polychrome beelden, zoals het Sint-Cornelis- en het 0nze-Lieve-Vrouwaltaar van beeldhouwer De Clercq van Merelbeke van 1917, de Heiligenbeelden en de figuratieve glasramen uit het Gentse glazenieratelier van Camille Ganton - Defoin zijn mooie voorbeelden van de toenmalige neogotische kerkstoffering.
De in steen gehouwen en gepolychromeerde kruiswegstaties van 1902 zijn representatief voor het werk van beeldhouwer Aloïs De Beule (Zele).

De parochiekerk en het omliggend kerkhof als uitdrukking van een cultuurhistorische en maatschappelijke ontwikkeling, namelijk de beleving van de christelijke cultuur en de dodencultus in de Vlaanderen, speelde een belangrijke rol in de ontwikkeling van het dorp en de lokale kerkgeschiedenis.
Het nog in gebruik zijnde kerkhof vervult nog steeds een rol in het dorpsleven. De inplanting van het oorlogsgedenkteken als materiële getuige van het herdenken van een collectief trauma geeft de begraafplaats een extra sociaal-culturele waarde.

De Sint-Bavokerk is als vroeg middeleeuwse stichting van de Gentse Sint-Baafsabij op haar domein, één van de oudste, mogelijk tot het einde van de 7de - 8ste of ten laatste begin 9de eeuw opklimmende kerksites van de streek. Ook de voor de abdij geprivilegieerde beschermheilige Sint-Bavo wijst duidelijk in die richting.
De parochiekerk met nog omringend kerkhof vormt historisch en visueel een belangrijk ensemble binnen de landelijke dorpskern van Baaigem.

in casu architectuurhistorische waarde:
De huidige Sint-Bavokerk is een parochiekerk met atypische plattegrond en een zeldzaam voorbeeld van een dubbele kerk met respect voor de authentieke oude delen en een volwaardige neogotische uitbreiding.
De duidelijk herkenbare romaanse noordelijke beuk met vroeg gotische westgevel in Doornikse kalksteen, de achthoekige bakstenen gotische toren met hoge ingesnoerde naaldspits, en het gotisch koor en transept van Ledesteen werden respectvol behouden naast de volledig neogotische zuidelijke beuk, transept en koor die omwille van de bevolkingstoename toegevoegd werden in 1911-1913.
De neogotische uitbreiding in een sobere baksteenarchitectuur is kenmerkend voor het oeuvre van architect Henri Geirnaert die als Sint-Lucasarchitect en leerkracht zijn stempel drukte op de religieuze architectuur en monumentenzorg van het eind van de 19de en het begin van de 20ste-eeuw.