De momenteel niet-beschermde uitbreiding naar ontwerp van architect De Pauw in 1906 getuigt van het historische groeiproces en de continue ontwikkeling van het gebedshuis in Wenduine. De vergroting vormt technisch, vormelijk en architecturaal een onlosmakelijk geheel met de oudere en reeds beschermde delen van het gebouw, gezien deze kaderde binnen hetzelfde archeologisch gefundeerde restauratieprogramma.
De opleving van de badplaats Wenduine op het einde van de 19de eeuw en het bestaan van vakantieparochianen, waren de rechtstreekse aanzet voor deze bouwfase waardoor de kerk representatief is voor een belangrijk sociaal-cultureel gegeven uit die tijd.

De kerk te Wenduine is een schoolvoorbeeld van een Middeleeuwse Vlaamse kustkerk, een hallekerk. Dit type kerk vindt men ook terug langs de kust in Frankrijk, Nederland en Engeland. Het schema wordt hoofdzakelijk bepaald door een gesloten rechthoek als grondplan bestaande uit drie beuken die in breedte en hoogte nagenoeg gelijk zijn en waarin de lichtinval geregeld wordt door de ramen in de zijbeuken. De koren zijn in de Vlaamse kustkerken meestal recht afgesloten en liggen recht in het verlengde van de drie beuken. De vierkante voet van de vieringstoren die overgaat in een achthoekige hoge naald is eveneens karakteristiek voor dit kerkschema. Zelfs het uitgebouwde portaal op de westgevel, een detail waarvoor in de Heilige kruisverheffingskerk geen archeologische gegevens voorhanden waren, is wel een typische eigenschap van de kustkerk.
De Vlaamse kustkerk is de uitkomst van een groeiproces om een bestaand kerkgebouw aan alle kanten te verruimen. Deze vaak eerder landelijke kerken uit de 13de eeuw zijn meestal geleidelijk vergroot rond 1300.
De reconstructie van de kerk te Wenduine in 1906 is gebaseerd op dit kerkschema. Dit type kerk stond model voor de talloze Wederopbouwkerken in West-Vlaanderen. Maar in Wenduine was zij het resultaat van een 19de-eeuws, semi-wetenschappelijk denkproces over archeologie, typologie en divers bronnenonderzoek.
De Pauw behoorde tot de 2de generatie Sint-Lucasarchitecten, samen met V. Vaerwyck, J. Viérin, J. Coomans. In hun werk manifesteert zich duidelijk een gefundeerde belangstelling voor een regionale, traditionele baksteenarchitectuur met laat-gotische en renaissancistische stijlkemnerken. Vaak wordt aansluiting gezocht bij de architectuur van Bethune. De lokale bouwtraditie zou na 1914 als vanzelfsprekende bron voor de wederopbouw worden beschouwd.

De archeologische reconstructie naar ontwerp van architect De Pauw was en is een gedurfde uiting van laat 19de-eeuwse en vroeg 20ste-eeuwse opvattingen over archeologie, architectuurgeschiedenis, monumentenzorg en nieuwbouw, waartussen de grens vaag was.

Het concept van Wenduine vertegenwoordigt een streven een verregaande reconstructie op basis van bestaande sporen en het zoeken naar stijleenheid met de nieuw op te trekken onderdelen. In deze reconstructie stond de laat-gotische bouwfase voorop en werd een grondige stijlpurificatie voor het totaal doorgevoerd. Hij past hierbij in een neogotische traditie, in de lijn van de theorieën van Viollet-le-Duc.
In het exterieur werd met grote zorgvuldigheid een bijna naadloze aansluiting gemaakt tussen het nieuwe gedeelte en het bestaande koor met vieringstoren. Materiaalgebruik, vormgeving en afwerkingsdetails van de bestaande bovengrondse en ondergrondse sporen werden bestudeerd en als uitgangspunt genomen voor de uitbreiding. Nieuwe elementen dienden zich te conformeren. In deze tijdsgeest past ook de uniformiteit van het interieur. Er werd geopteerd voor een nieuwe neogotische totaalinrichting met sculpturen, meubilair,... dat door zijn ensemble en consequentie kunsthistorisch waardevol is en onlosmakelijk verbonden met de monumentwaarden van de kerk. Anderzijds werd het oude deel door De Pauw ook aan de nieuwe, geïdealiseerde laatgotische kerk aangepast.
De middeleeuwse, reeds beschermde, delen werden tevens intensief en creatief gerestaureerd en door De Pauw grondig getransformeerd naar hun laatmiddeleeuwse toestand. Dit getuigt van een visie waarin het verleden maakbaar is en het onderscheid tussen restauratie en nieuwbouw volledig vervaagt. Het uitzicht en de detaillering van het geheel, van oud én nieuw, is het resultaat van de door De Pauw uitgevoerde restauratie en uitbreidingswerken waarin stijleenheid het voornaamste streven was. Ook in materiaalgebruik en detaillering van de architectuur én de inboedel blijkt een eenheidsstreven.

De huidige bouwhistorische en architectuurhistorische waarde van het restauratieconcept van De Pauw wordt versterk doordat het volledig gerealiseerd werd en authentiek en gaaf bewaard bleef.

Een uitzonderlijk waardevol interieurelement dat bij de opgravingen in 1906 ontdekt werd is oude middeleeuwse tegelvloer die waarschijnlijk gedateerd moet worden rond 1300. De mozaïekvloer in (deels geritste) aardewerktegeltjes voorzien van een eenvoudige slip decoratie en gekleurd loodglazuur, behoren wellicht tot één van de oudste tegelvloeren van België. De vindplaatsen van de tegels werden door architect De Pauw zorgvuldig in kaart gebracht en de bruikbare exemplaren herlegd als vloer rondom de doopvont aan de westzijde van het tot op heden niet beschermde schip. De tegelpartij in het beschermde koorgedeelte zijn hoofdzakelijk hoogwaardige reproducties. De originele vloertegels zijn van een hoge kunsthistorische waarde. De reconstructies getuigen van het hoge vakmanschap van het aardewerkatelier Maes in Torhout en representeren een hoge ambachtelijke en kunsthistorische waarde.

De inventaris van de roerende objecten weerspiegelt helemaal deze bouwgeschiedenis. De kerkinboedel is een belangrijke getuige van het historisch groeiproces en het rijk en actief parochiaal leven van de Heilige Kruisverheffingskerk. Het edelsmeedwerk bevat enkele uitzonderlijke historische stukken van hoge kunsthistorische en ambachtelijke waarde. Het patrimonium in het interieur van de kerk is deel van het neogotisch totaalconcept. Bovendien is de volkskundige en sociaal-religieuze waarde van diverse objecten hoog.
De Heilige kruisverheffingskerk is de centrale plaats van een actief parochieleven en sociaal-religieuze en folkloristische gebeurtenissen zoals processies, zeewijdingen en de mirakelkruisoptocht. Verschillende stukken uit de kerkinboedel worden hiervoor jaarlijks uit de kast gehaald; de vroeg 19de-eeuwse vissersbanier, processielichten, het mirakelkruis,... De inboedel versterkt de aantrekkingskracht die de kerk nog steeds heeft op de honderden vakantieparochianen.