De bescherming als monument van het voormalige Bisschoppelijk Seminarie van 30 juli 1982 werd gewijzigd bij ministerieel besluit van 2 mei 2013: de gebouwde constructie uit 1872 aan de Kapittelstraat (inspringend volume), gekend als bouwblok L, werd uit de bescherming verwijderd. Het perceel van dit volume is wel nog steeds beschermd.
De Koninklijke Commissie voor Monumenten en Landschappen (KCML) bracht een advies uit waarbij de historische waarde van het voormalige Bisschoppelijk Seminarie als volgt werd gemotiveerd: het gehele voormalig Bisschoppelijk Seminarie (inclusief interieur) als voormalig seminarie, in de 17de eeuw als dusdanig vermeld en hoofdzakelijk in de 18de eeuw tot stand gekomen met 19de-eeuwse uitbreidingen:
- straatvleugel (Biezekapelstraat) als voorbeeld van vroeg-18de-eeuwse baksteen- en natuursteenbouw met overwegend renaissancegetinte details en een ermee contrasterende eenvoudiger uitgewerkte partij in de Kapittelstraat.
- gevels aan de binnenplaats als voorbeeld van de evolutie gedurende de tweede helft van de 18de eeuw, van een rijk uitgewerkte rococo-architectuur tot een gehele architecturale versobering.
- hoekhuis op de plaats van het voormalig hof van de Heren van Bieze als voorbeeld van architectuur in Louis XV-stijl uit het derde kwart van de 18de eeuw.
- kapel als voorbeeld van 19de-eeuws eclecticisme met zeer fraai romaans-byzantijns uitgewerkt en polychroom interieur.
- Onroerend Erfgoed Oost-Vlaanderen, Beschermingsdossier DO000688, Voormalig Bisschoppelijk Seminarie, advies KCML (1982).
Het voormalig Bisschoppelijk Seminarie is beschermd als monument omwille van het algemeen belang gevormd door de: